| Jornada 1 | 19/08/2012 | VILLARREAL | 2 | REAL MADRID B | 1 |
| Jornada 2 | 26/08/2012 | SABADELL | 0 | VILLARREAL | 0 |
| Jornada 3 | 02/09/2012 | VILLARREAL | 2 | GUADALAJARA | 1 |
| Jornada 4 | 09/09/2012 | PONFERRADINA | 0 | VILLARREAL | 1 |
| Jornada 5 | 16/09/2012 | VILLARREAL | 1 | HERCULES | 0 |
| Jornada 6 | 23/09/2012 | LAS PALMAS | 2 | VILLARREAL | 2 |
| Jornada 7 | 30/09/2012 | VILLARREAL | 2 | CORDOBA | 0 |
| Jornada 8 | 07/10/2012 | SPORTING GIJON | 2 | VILLARREAL | 0 |
| Jornada 9 | 14/10/2012 | VILLARREAL | 1 | HUESCA | 1 |
| Jornada 10 | 21/10/2012 | RECREATIVO | 2 | VILLARREAL | 0 |
| Jornada 11 | 28/10/2012 | VILLARREAL | 2 | MIRANDES | 0 |
| Jornada 12 | 04/11/2012 | NUMANCIA | 1 | VILLARREAL | 1 |
| Jornada 13 | 11/11/2012 | VILLARREAL | 1 | MURCIA | 1 |
| Jornada 14 | 18/11/2012 | RAC.SANTANDER | 0 | VILLARREAL | 3 |
| Jornada 15 | 25/11/2012 | VILLARREAL | 1 | LUGO | 1 |
| Jornada 16 | 02/12/2012 | ELCHE | 1 | VILLARREAL | 0 |
| Jornada 17 | 09/12/2012 | VILLARREAL | 4 | ALCORCON | 0 |
| Jornada 18 | 16/12/2012 | GIRONA | 2 | VILLARREAL | 0 |
| Jornada 19 | 22/12/2012 | XEREZ | 0 | VILLARREAL | 0 |
| Jornada 20 | 06/01/2013 | VILLARREAL | 1 | BARCELONA B | 3 |
| Jornada 21 | 13/01/2013 | ALMERIA | 1 | VILLARREAL | 1 |
| Jornada 22 | 20/01/2013 | REAL MADRID B | 5 | VILLARREAL | 0 |
| Jornada 23 | 27/01/2013 | VILLARREAL | 3 | SABADELL | 0 |
| Jornada 24 | 03/02/2013 | GUADALAJARA | 0 | VILLARREAL | 0 |
| Jornada 25 | 10/02/2013 | VILLARREAL | 3 | PONFERRADINA | 0 |
| Jornada 26 | 17/02/2013 | HERCULES | 1 | VILLARREAL | 1 |
| Jornada 27 | 24/02/2013 | VILLARREAL | 1 | LAS PALMAS | 1 |
| Jornada 28 | 03/03/2013 | CORDOBA | 0 | VILLARREAL | 2 |
| Jornada 29 | 10/03/2013 | VILLARREAL | 2 | SPORTING GIJON | 1 |
| Jornada 30 | 17/03/2013 | HUESCA | 0 | VILLARREAL | 1 |
| Jornada 31 | 24/03/2013 | VILLARREAL | 1 | RECREATIVO | 1 |
| Jornada 32 | 31/03/2013 | MIRANDES | 1 | VILLARREAL | 5 |
| Jornada 33 | 07/04/2013 | VILLARREAL | 6 | NUMANCIA | 1 |
| Jornada 34 | 14/04/2013 | MURCIA | 1 | VILLARREAL | 1 |
| Jornada 35 | 21/04/2013 | VILLARREAL | 1 | RAC.SANTANDER | 0 |
| Jornada 36 | 28/04/2013 | LUGO | 0 | VILLARREAL | 0 |
| Jornada 37 | 05/05/2013 | VILLARREAL | 2 | ELCHE | 3 |
| Jornada 38 | 12/05/2013 | ALCORCON | 1 | VILLARREAL | 3 |
| Jornada 39 | 19/05/2013 | VILLARREAL | 4 | GIRONA | 1 |
| Jornada 40 | 26/05/2013 | VILLARREAL | 3 | XEREZ | 2 |
| Jornada 41 | 02/06/2013 | BARCELONA B | 0 | VILLARREAL | 3 |
| Jornada 42 | 09/06/2013 | VILLARREAL | 1 | ALMERIA | 0 |